RNA-seq​ 解析依頼 概要

  • ​現在1検体当たり、20,000~25,000円程度を依頼者様にご負担いただきmRNA-seq解析を行っています。

  • Total RNA-seqをご希望の先生がいらっしゃいましたら別途ご相談ください。

  • 価格は、使用する次世代シーケンサーや試薬により少し変更になる場合があります。

  • 依頼者様は組織、もしくは抽出したTotal RNAをドライアイスに詰めて冷凍便で送るだけです。一か月程度で解析データを依頼者様にお返ししています。

サンプル提出ガイドライン

  • 以下の要件を満たすRNAをドライアイスに詰めて冷凍便でお送りください。

  ①Total RNA 100ng /μl 以上の濃度で、Total 2.5μg以上 (Total RNA100ng/ulの濃度の場合25ul以上)

  ②A260/230nm: 1.6以上

  ③A260/280nm: 1.8以上

  • ​組織の場合は、ドライアイスに詰めて冷凍便で発送するか、RNAlaterに漬けた組織を冷蔵もしくは冷凍便でお送りください。

  • ​学内であれば直接持参していただいても結構です。

  • 注意:お送りいただいたサンプルの返送は行っていません。

​検体受け取り~当ラボでの作業

次世代シーケンサー・条件

  • ilumina HiSeq X Ten もしくは NextSeq を利用

  • ​ペアエンドリードで1サンプル当たり2000万リード以上取得

バイオインフォマティクス解析

  • 当ラボのバイオインフォマティクス解析専用のハイスペックPCでデータ解析を行います。

  • ​マッピング、発現定量値 (RPKM or TPM) 算出、有意差解析、クラスタリング解析を含むヒートマップ作製、パスウェイ解析などのデータ解析を行います。

  • ​解析データは分かりやすくまとめ、依頼者へUSBデータとしてお返します。

  • データ解析をご自身でも行えるようにサポートいたします (最近は世界中の研究者が素晴らしweb解析ツールを開発してくれています。)

  • ​当ラボで行う基本的な解析のデモデータを以下にしまします。

クラスタリング解析・ヒートマップ

クラスタリング解析・パスウェイ解析

PCA プロット

個々のサンプルにおける各遺伝子の発現定量値の算出 (RPKM or TPM)

価格・支払い等

  • ​価格は1サンプル当たり20,000~25,000円程度です。

  • 使用する次世代シーケンサーや試薬により、価格は多少変動します。

  • 納期は1か月程度を目途にしていますが、検体の混み具合で変動いたします。

  • 本学の共同研究または受託研究契約規定に基づき、契約書の作成・提出が必要になります。

  • ​その他ご不明な点は以下問い合わせフォームか、E-mailでお気軽にお問い合わせください。

オフィス・ラボ:

〒305-8577

茨城県つくば市天王台1-1-1

医学系学系棟236号室

筑波大学 医学医療系 臨床検査医学/スポーツ医学研究室

RNA-seq 解析チーム 担当 菅澤

Tel : 029-853-3389

E-mail: takekoshi2020 "at" gmail.com

問い合わせフォーム

〒305-8577 茨城県つくば市天王台1-1-1
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筑波大学 医学医療系 臨床検査医学/スポーツ医学研究室
RNA-seq 解析チーム 担当 菅澤
Tel: 029-853-3209
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