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筑波大学 医学医療系 スポーツ医学分析部門
共同研究・受託研究を随時受け付けています。
大学院生・研究生を随時募集しています
RNA-seq 解析依頼 概要
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当ラボのRNAseq解析は、筑波大学オープンファシリティシステムに登録されました。以下のオープンファシリティシステムからも申し込みの可能です。
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学内者専用：オープンファシリティシステムへのリンク
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学外の方専用：オープンファシリティシステムへのリンク
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mRNA-seq解析が基本となりますが、RNA分解が認められる場合Total RNA-seq解析を推奨しています。
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mRNA-seq解析1検体当たり、27,500円（学内料金）、37,150円（学外料金）となっています。
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RNA抽出作業からご依頼いただけます。料金は変わりません。
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その他、オーダーメイドのシーケンス解析も受け付けています。ご希望をお問い合わせいただければ対応可能かどうか返答いたします。
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プラス4000円（試薬代）/検体でtotal RNA-seqも受け付けております。
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依頼者様は組織、もしくは抽出したTotal RNAをドライアイスに詰めて冷凍便で送るだけです。一か月程度で解析データを依頼者様にお返ししています。
サンプル提出ガイドライン
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以下の要件を満たすRNAをドライアイスに詰めて冷凍便でお送りください。
①Total RNA 100ng /μl 以上の濃度で、Total vol. 3～4μg以上
(Total RNA100ng/ulの濃度の場合30-40ul以上)
②A260/230nm: 1.6以上
③A260/280nm: 1.8以上
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組織の場合は、ドライアイスに詰めて冷凍便で発送するか、RNAlaterに漬けた組織を冷蔵もしくは冷凍便でお送りください。
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学内であれば直接持参していただいても結構です。
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注意：お送りいただいたサンプルの返送は行っていません。
検体受け取り～当ラボでの作業
次世代シーケンサー・条件
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ilumina HiSeq X Ten もしくは NextSeq を利用
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ペアエンドリードで1サンプル当たり2000万リード程度取得
バイオインフォマティクス解析
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当ラボのバイオインフォマティクス解析専用のハイスペックPCでデータ解析を行います。
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マッピング、発現定量値 (RPKM or TPM) 算出、有意差解析、クラスタリング解析を含むヒートマップ作製、パスウェイ解析などのデータ解析を行います。
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解析データは分かりやすくまとめ、依頼者へUSBデータとしてお返します。
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データ解析をご自身でも行えるようにサポートいたします (最近は世界中の研究者が素晴らしweb解析ツールを開発してくれています。)
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当ラボで行う基本的な解析のデモデータを以下にしまします。
クラスタリング解析・ヒートマップ
クラスタリング解析・パスウェイ解析
PCA プロット
個々のサンプルにおける各遺伝子の発現定量値の算出 (RPKM or TPM)
価格・支払い等
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学内の方はオープンファシリティシステム上から請求が来ます。
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学外の方は、本学のオープンファシリティシステムへの利用申請が必須となります。詳しくはお気軽にお問い合わせください。
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納期は1か月程度を目途にしていますが、検体の混み具合で変動いたします。
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その他ご不明な点は以下問い合わせフォームか、E-mailでお気軽にお問い合わせください。
オフィス・ラボ:
〒305-8577
茨城県つくば市天王台1-1-1
医学系学系棟236号室
筑波大学 医学医療系 臨床検査医学/スポーツ医学研究室
RNA-seq 解析チーム 担当 菅澤
Tel : 029-853-3209
E-mail: t-sugasawa "at" md.tsukuba.ac.jp
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